25 bekräftade skadliga algblomningar har observerats i Owasco Lake mellan 14 augusti och 26 augusti, och 24 HABs i Skaneateles Lake mellan 20 augusti och 26 augusti.
Cayuga Lake har sett 16 fall mellan 14 augusti och 26 augusti.
Blomningarna har inte spridit sig för att ta över hela sjöarna ännu, men nivån av toxicitet som hittades vid testning av dricksvatten är oroande vid Auburns filtreringsanläggning för dricksvatten.
Nivåerna är giftiga men växten har lyckats ta bort gifter innan vattnet når familjer.
Nivåerna i vattnet kommer att övervakas och boende meddelas om de blir giftiga även efter filtrering.
Människor som använder sjöarna för rekreation uppmanas också att se efter HAB, de kan vara skadliga för människor.
Människor eller djur med symtom som diarré, illamående, kräkningar, irritation av hud, ögon eller andningsorgan från att komma i kontakt med HAB måste konsultera läkare eller veterinär.
Få de senaste rubrikerna levererade till din inkorg varje morgon? Registrera dig för vår Morning Edition för att börja dagen.
